巴瑞特氏食道症治疗的主要目标是预防其发展成食道癌。如果还没有发展成癌症，即使已经出现了不典型增生，对巴瑞特氏食道症进行治疗都不算太迟。
治疗巴瑞特氏食道症可以从改变生活方式、以及进行自我护理来控制胃食管返流症开始。这些措施包括减肥、避免吃一些会加重胃灼热感的食物、戒烟、服用抗酸药、以及抬高床头以预防睡时胃酸返流等。对于患有严重胃食管返流症和巴瑞特氏食道症的患者，通常需要更进一步的治疗，包括药物治疗、其他非手术治疗甚至手术治疗。
药物治疗
可用于治疗胃食管返流症和巴瑞特氏食道症的药物有：
- 质子泵抑制剂： 这些药物 (诸如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑和艾美拉唑) 可以阻滞胃酸的产生，减轻受损组织进一步受刺激。
- H-2 受体阻滞剂： 医生有时也会开此类药物来治疗胃食管返流症和巴瑞特氏食道症。这些药物 (诸如法莫替林、西米替林、尼扎替林和善尼替林) 比质子泵抑制剂便宜，不过它们的疗效也弱一些。
尽管上述药物对治疗胃食管返流症通常很有效，但是如果患者已经出现了巴瑞特氏化生，这些药物则无法保证能有效地逆转这种病变。这时，即使胃食管返流症的症状经治疗后消失，巴瑞特氏食道症仍然有进展成癌症的风险。
手术
除了通过长期服用药物来治疗胃食管返流症外，抗返流手术 (全称为 “腹腔镜下胃底反折术”) 提供了另外一种治疗方法。该手术通过在食道下段周围包裹部分胃组织来缩紧括约肌，以达到防止胃酸返流的目的。这种手术留下的疤痕微小，而且只需要住院一到两天即可。同样地，尽管该手术对治疗胃食管返流症通常很有效，但如果一旦已经出现了巴瑞特氏化生，手术也不能地有效地逆转这种病变，它仍有进展为癌症的风险。
如果患有食管癌或者巴瑞特氏食道症出现严重不典型增生时，医生可能会建议患者进行食管切除术。这项手术很大，手术中需要将食管完全切除并把胃拉到胸腔。手术后大约需要住院2周得以康复。尽管此项治疗有效，但常带来其它重大健康风险。高达 50% 的进行食管切除术的患者在手术后会出现至少一种严重的并发症，包括肺炎、心脏病发作和手术区域感染。目前医学界对是否需要对重度不典型增生的患者进行食管切除手术治疗是有争议的。一些专家认为应当采取食管切除术来预防癌变。其他专家认为在癌变发生前每 3~6 个月定期做内窥镜检查就足够了，只有当病变进展成癌症时再进行手术治疗。不过医生普遍认为，健康状况下降或太虚弱的患者不适合做这样大的手术。
