巴瑞特氏食道症的确切病因还不清楚，但其通常发生在胃食管返流症的患者身上。在人体的胃壁内覆有一层组织可以抵御胃酸，然而食道管壁的耐酸性不强，即无法长期抵御酸性物质的侵袭。好在人体的食管和胃连接处有一个肌肉环 (括约肌)，它的作用是通过紧闭该处的连接通道 (只让单向流通) 来阻止食物和胃酸的返流。一旦括约肌功能受损，便可能患上胃食管返流症。
若不予治疗，胃食管返流症可导致更严重的并发症，比如引发的严重胃烧灼感会导致胸痛，症状严重时类似于心脏病的发作。胃食管返流症的其他并发症可能还包括食管因出现疤痕而变狭窄、出血、巴瑞特氏食管症和食管癌。